Tiene características propias de la arquitectura tradicional mexicana. En donde permite apreciar la fachada de la Iglesia de San Francisco Javier, de estilo barroco estípite, conocido también como Churrigueresco. Tanto la fachada del Templo como el conjunto de retablos en su interior representan una de las épocas más brillantes del arte de nuestro país. Espléndidos son sus claustros de los Aljibes y de los Naranjos, su capilla doméstica, la capilla de Loreto y el Camarín de la Virgen; valiosas sus colecciones de arte religioso, talavera, oro, custodias, casullas, y pinturas de connotados artistas de la colonia: Martín de Vos, Baltazar de Echave, Cristóbal de Villalpando y otros más. En cuanto a obras escultóricas, el museo el museo reúne a bellas piezas logradas con técnicas propias del virreinato.